Nella cripta potete venerare le reliquie dei santi Apostoli Filippo e Giacomo minore. Scendendo per una doppia scala di marmo policromo a ferro di cavallo, opera di Luca Carimini come tutto il complesso (seconda metà del sec. XIX, troverai una ampia zona semicircolare, che immette in una piccola cappella. Oltre la grata, vedrai un sarcofago marmoreo, nel quale, il 1° maggio 1879, vennero riposte le ossa degli apostoli Filippo e Giacomo. Esse erano state ritrovate poco tempo prima nello spazio soprastante la volta, che corrisponde all’attuale altare maggiore (1871), e riconosciute autentiche da studiosi e periti dell’epoca.