Nella cripta potete venerare le reliquie dei santi Apostoli Filippo e Giacomo minore. Scendendo per una doppia scala di marmo policromo a ferro di cavallo, opera di Luca Carimini come tutto il complesso (seconda metà del sec. XIX, troverai una ampia zona semicircolare, che immette in una piccola cappella. Oltre la grata, vedrai un sarcofago marmoreo, nel quale, il 1° maggio 1879, vennero riposte le ossa degli apostoli Filippo e Giacomo. Esse erano state ritrovate poco tempo prima nello spazio soprastante la volta, che corrisponde all’attuale altare maggiore (1871), e riconosciute autentiche da studiosi e periti dell’epoca.
Tutto dipinto a tempera con figure, simboli e iscrizioni copiate dai primitivi cimiteri catacombali, troverai a sinistra un cubicolo a croce greca con un elegante monumento del Bregno (1477) a Raffaele Della Rovere, fratello di Sisto IV e padre di Giulio II, e un grande sarcofago paleocristiano contenendo le spoglie di Alessandro Riario.
La Cripta si estende sotto la navata centrale della Basilica. Nello spazio più ampio, su una grande pietra verde di forma ovale, si erge un altare. Al centro, il “pozzetto” dei Martiri, dove papa Stefano VI depose nell’anno 886 numerose reliquie, trasferendole dai primitivi cimiteri cristiani.