La basilica dedicata agli apostoli Filippo e Giacomo minore è una delle più antiche e venerate di Roma, già parrocchia di illustri famiglie come Riario, Colonna, Odescalchi, Stuart. L’epoca della fondazione risale a papa Pelagio I (556-561) ma, durante il Medioevo, la chiesa viene più volte restaurata e arricchita di insigni reliquie e ricchi arredi. Fu papa Martino V Colonna (1417-1431) ad avviarne la ricostruzione in forme rinascimentali. Nel 1439 il cardinale Bessarione, titolare della basilica, affidò la chiesa ai Frati Minori Conventuali, che tuttora la officiano.
Nuovi interventi si ebbero sotto papa Sisto IV e poi ancora sotto Giuliano Della Rovere (poi Giulio II), il quale, tra il 1474 e il 1481, fece realizzare l’attuale grandioso portico a due ordini, trasformato nelle forme attuali nel 1827.
Il rinnovamento dell’interno in epoca barocca si deve a Carlo Rainaldi (1666-1678): fu sopraelevato il presbiterio, fu realizzato un nuovo soffitto e un nuovo altare con sculture di Domenico Guidi (1671). L’aspetto attuale dell’interno si deve tuttavia all’opera di Francesco Fontana, nei primi anni del Settecento. L’intervento si era reso necessario perché l’antica chiesa rinascimentale era pericolante. Il Fontana, pur costretto nella progettazione dei suoi lavori dalla pianta della chiesa originaria, conferì all’ambiente un aspetto grandioso e monumentale e di grande armonia, dando unità a tutta la zona centrale (navata maggiore, abside e presbiterio sono della stessa altezza) e suddividendo le navate laterali in campate con funzione di atrio alle varie cappelle.
L’affresco della volta, raffigurante l’Apoteosi dell’Ordine francescano, è stato eseguito nel 1707 da Giovanni Battista Gaulli, detto il Baciccio, e ripropone il carattere illusionistico già presente nel grande affresco nella volta della chiesa del Gesù. La decorazione, interrotta dal Gaulli, venne completata tra il 1869 e il 75 dal modesto pittore accademico Luigi Fontana, autore degli Evangelisti a lato dell’affresco centrale e degli Apostoli nelle semilunette ai lati delle finestre. Il presbiterio è affrescato da Giovanni Odazzi; nella parete di controfacciata una iscrizione, che ricorda il restauro compiuto da papa Clemente XI, con sculture di Pierre Legros, Etienne Monnot, Pietro Papaleo.